Naturlige organiske pigmenter er avledet fra plante- eller dyreekstrakter. De er originalversjoner av noen kjente farger, men er mindre holdbare. For eksempel ble brunfargen tidligere laget av bløtdyrblekkposer og cochenille ble ekstrahert fra cochenilleinsekter. Indisk gul, indigo og mørkegrønn ble opprinnelig avledet fra planter, og ekte rosegal forblir slik. Elfenbenssort, bensort og vinsort er laget av trekull laget av forkullet elfenben, bein og visse tresorter.
Før 1850-tallet var de fleste organiske pigmenter naturlige, men med fremskritt innen organisk kjemi har de aller fleste blitt erstattet av syntetiske organiske pigmenter, hvorav noen etterligner fargene som finnes i naturlig organisk materiale. Den fysiske formen og fargetonen til syntetiske pigmenter er lettere å kontrollere enn naturlige pigmenter, og de har en tendens til å være mer lysfaste og tilby et bredere utvalg av farger. Dagens syntetiske organiske pigmenter inkluderer lyse, permanente ftalocyaniner, kinakridoner og perylen.
Fargede organiske pigmenter inkluderer ftalocyanin, alizarin crimson, antrakinonrød (et mer lysfast alternativ til alizarin), prøyssisk blått, hansagult, Hooker's green, indigo, Payne's grey, Perinon oransje og kinakridon (har også gjennomsiktighetsegenskaper). Selv om pigmentpartikkelstørrelsen vanligvis er relativt jevn, er det fortsatt noe sedimentært organisk materiale tilstede, slik som ultramarinblått, ultramarinfiolett og asurblått. Gjennomsiktige organiske pigmenter inkluderer Rose Madder Genuine, Viridian og Quinacridones, som lager vakre glasurer.